Amfilohije je rano ostavio metež svjetski i povukao se u jednu planinu gdje je proživio 40 godina. Tada se upraznila episkopska stolica u Ikoniji, i Amfilohije je čudesnim načinom bio izabran i posvećen za episkopa ikonijskog.
Učestvovao je na Drugom vaseljenskom saboru 381. godine. Revnosno se borio protiv Makedonija zločestivog, i protiv arijanaca i Evnomija. Lično je molio cara Teodosija Velikog da izagna Arijance iz svakog grada u državi, ali car mu nije ispunio želju. Poslije nekoliko dana opet se javio Amfilohije caru.
Kada je episkop bio uveden u odaju za primanje, car je sjedeo na prestolu, a do njega s desne strane sjedeo Arkadije, carev sin. Ustavši, Amfilohije sveti poklonio se caru Teodosiju, a na Arkadija, sina carevog se nije obazirao kao da ga tu nije bilo. Razgnevio se zbog toga car Teodosije, i naredio je da se Amfilohije odmah istjera iz dvora.
Tada reče svetitelj caru: „vidiš li, care, kako ne podnosiš beščešće sina; tako i Bog Otac ne trpi beščešće Sina Svoga, odvraća se s nenavišću od onih, koji hule Njega, i gnjevi se na sve pristalice one proklete (Arijeve) jeresi”. Čuvši ovo car razumede zašto Amfilohije ne odade počast sinu njegovom, i udivi se mudrosti i smjelosti njegovoj.
Upokojio se 395. godine u dubokoj starosti i preselio u život besmrtni.