Prema izvornom Dejtonskom sporazumu, Republika Srpska i Federacija BiH imale su skoro sva obilježja samostalinih i suverenih država.
Međutim, u godinama koje su uslijedile, zahvaljujući prije svega politici Međunarodne zajednice, nadležnosti entiteta su “osipane”, a sve više nadležnosti prebacivano je na nivo BiH.
Iako i ne postoji u Ustavu BiH, Institucija Viskog predstavnika, tako je na sebe preuzela ustavotvornu, zakonodavnu, a često i sudsku vlast i to najviše na štetu Republike Srpske. Stvorene su brojne institucije koje uopšte nisu bile predviđene Dejtonskim sporazumom, dok su od Republike Srpske oduzete ukupno 83 nadležnosti.
U decembru 1996. godine, Predsjedništvo BiH donijelo je odluku da Savjet ministara ima samo tri ministarstva i to Ministarstvo za spoljne poslove, spoljnu trgovinu i ekonomske odnose i civilne poslove. Samo četiri godine kasnije, pod pritiskom Međunarodne zajednice formirana su i Ministarstva za ljudska prava i izbjeglice, za trezor institucija BiH, a nešto kasnije visoki predstavnik nameće Izmjene zakona o Savjetu ministara, kojim se uvode Ministarstvo transporta i komunikacija, Ministarstvo bezbjednosti i Ministarstvo pravde. Kasnije je, Zakonom o odbrani formirano i Ministarstvo odbrane, čime je faktički ukinuta Vojska Republike Srpske.
Osim novih ministarstva, sa entiteta na zajedničke institucije prenesene su brojne nadležnosti iz oblasti odbrane, bezbjednosti, pravde. Formirane su obavještajno bezbjednosne agencije, Visoki sudski i tužilački savjet, Sud i Tužilaštvo BiH, a na zajedničke organe preneseni su i carina i indirektni porezi, ali i jedinstvena evidencija ličnih podataka.
Srpska je ostala bez dijelova nadležnosti iz oblasti energetike, javnih nabavki, telekomunikacija, statistike, koncesija, akreditovanja… Često su od entiteta oduzimane i, naizgled, nevažne nadležnosti, kao što je bezbjednost saobraćaja, a jedini cilj je bio što više slabiti entitete, a jačati BiH.
Zaustavljanje prenosa nadležnosti počelo je očuvanjem Ministarstva unutrašnjih poslova Republike Srpske, koje je nekoliko puta bilo na udaru, ali i nadležnosti iz oblasti poljoprivrede, u kojoj su pritisci trenutno možda i najjači. Prenošenja više neće biti, poručuju vlasti Republike Srpske, koje najavljuju korak po korak – vraćanje oduzetih nadležnosti.
